Sau khi chiến tranh chống Nhật kết thúc, Tôn được bổ nhiệm làm tư lệnh đồn trú Trùng Khánh và Nam Kinh, vẫn giữ chức Tư lệnh Binh đoàn 16. Ông tham gia những chiến dịch thắng lợi ban đầu chống lại lực lượng Cộng sản cùng các bạn đồng khóa cũ Đỗ Duật Minh, Phạm Hán Kiệt, Hồ Liên và Liu Yujian. Quân Cộng sản mất hết các căn cứ địa ở miền Trung và Đông Trung Hoa trừ Sơn Đông và Hà Nam.

Tháng 11 năm 1948, Chiến dịch Hoài Hải bắt đầu. Do sự bất tài của Lưu Trĩ và việc thất thoát những thông tin tình báo quan trọng do các gián điệp cộng sản gây ra, lực lượng của Tôn bị Dã chiến quân Hoa Đông của Túc Dụ bao vây. Là một chỉ huy kinh nghiệm, ông thúc giục Đỗ Duật Minh, Phó tư lệnh quân Quốc dân, phá vây trước khi quá trễ. Nhưng Đỗ, trung thành với Tưởng Giới Thạch, quyết định cố thủ chờ viện binh theo lệnh Tưởng. Tôn quyết định tự phá vây, và tuy Binh đoàn 16 bị tiêu diệt hoàn toàn, nhưng ông trốn về được Nam Kinh năm 1948. Tưởng lại bổ nhiệm ông làm Tư lệnh Binh đoàn 16 tái lập. Năm 1949, trong khi ông cố thủ Tứ Xuyên, nhiều sĩ quan dưới quyền ông quay sang đầu hàng Cộng sản. Tôn buộc phải từ chức rồi nghỉ hưu không lâu sau khi theo Tưởng Giới Thạch ra Đài Loan.[1]

Tôn mất ngày 25 tháng 5 năm 2007 tại Đài Loan, thọ 103 tuổi.